Лицей образован в 1992 году на базе детского сада как комплекс «Детский сад-школа-ВУЗ» с углубленным изучением иностранного языка. С 1997 года образовательное учреждение работает в статусе лицея с приоритетным гуманитарным и экологическим образованием.
Муниципальное общеобразовательное учреждение лицей «Экос» имеет ряд наград за достижения в области организации инновационного образовательного процесса. Среди наиболее престижных:
2003 - присвоение звания «Школа года»
2004 - присвоение звания «Школа высшей категории»
2005 - лауреат конкурса образовательных инициатив в номинации
«Модель современного учреждения образования», присвоение звания
«Школа века XXI века»
2006 - лицей «Экос» - победитель конкурса образовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы (Приоритетный национальный образовательный проект)
2007 - «Серебряный орден «Отличник качества Ставрополья»
2007 - диплом правительства Ставропольского края «За применение эффективных методов управления»
